A közel 2000 éves múlttal rendelkező települést, Savariat, egykor Claudius császár emelte colonia rangra. Nevét arról kapta, hogy a városban szombati napokon tartották a heti vásárokat. Szombathely területén haladt egykor az egyik legjelentősebb kereskedelmi útvonal, a Borostyán út. Az Isis Istennő tiszteletére emelt Szentély világszerte ismert.
Szombathely város területe a régészeti leletek tanúsága szerint már a kő- és bronzkorban is lakott hely volt. A keltákat I. században legyőző rómaiak a Dunántúlt Pannonia provincia néven a birodalomhoz csatolták. Savaria-t, a tartomány székhelyét Claudius császár 43-ban colonia rangra emelte. Itt állomásozott a Balti-tengertől Itáliáig futó, „Borostyánkő-út” néven ismert kereskedelmi útvonal védelmét ellátó XV. Apollinaris Legio. A gyorsan fejlődő városban sorra megépültek az ókori vallások, így Isis szentélye is. Septimius Severust 202-ben itt kiáltották ki császárnak. Quirinus sisciai püspököt, Diocletianus császár keresztényüldöző rendelete alapján, 303-ban Savariaban ítélték halálra és a nyakába kötött malomkővel a megáradt Perint-patakba vetették.
A barbár népek támadásainak következtében a rómaiak kivonultak a provinciából. Savaria túlélte a hun betörést, de a 455-ben bekövetkezett földrengés a város épületeit romba döntötte. A legenda szerint innen ered Szombathely „Stein am Anger” (=kő a mezőn) német neve. A pannoniai keresztények 791-ben találkozhattak a városba zarándokló Nagy Károly frank császárral, aki az avarok legyőzése után kereste fel Szent Mártonnak, a Karoling dinasztia 316-ban Savariaban született védőszentjének, a mai Szent Márton templom helyén állt, egykori lakóhelyét. Savaria ettől fogva a salzburgi érsek, majd a magyar állam alapításától a győri püspök joghatósága alá tartozott, aki 1407-ben kiadott kiváltságlevelével a városnak önkormányzati jogokat biztosított. Szombathely városi fejlődését nagyban segítette, hogy 1578-ben az országgyűlés a „Vasvári Káptalan Hiteles-helyet, a török általi veszélyhelyzetre tekintettel” Szombathelyre költöztette. Mivel ettől fogva a vármegye nemessége egyre gyakrabban tartotta itt üléseit, Szombathely végérvényesen Vas vármegye székhelyévé vált. 1711-ben a város lakosságának kétharmadát elvitte a pestis, 1749-ben pedig hatalmas tűzvész tombolt, amelyben megsemmisült a házak többsége.
A várost 1777-ben Mária Terézia püspöki székhellyé tette. Szily János, Szombathely első püspöke igazi nagy formátumú, „européer” férfiú volt, aki az alig kétezer lakosú kis településből XX. századi mércével mérve is impozáns székhelyvárost teremtett. A beiktatását követő két évtized alatt líceumot és nyomdát létesített, a középkori vár területén püspöki palotát, szemináriumot építtetett. Megalapozta a barokk–copf stílusú egyházmegyei központ több mint ötezer embert befogadni képes, napjainkban Magyarország 3. legnagyobb templomaként ismert székesegyházát, amelynek megvalósításán Hefele Menyhért, Anreith György építészek, Dorffmeister, Maulbertsch, Winterhalder, Közép-Európa legismertebb művészei dolgoztak. A katedrális csak Szily halála után két évtizeddel készült el.
Szombathely polgárvárossá fejlődésében fontos szerepe jutott Horváth Boldizsár igazságügy-miniszternek, a város szülöttének. A vasúthálózat 1865-ben érte el Szombathelyt és a város 1882-ben megkapta a „rendezett tanácsú város” rangot. A „Kiegyezés”-sel megindult kapitalista fejlődésben a „modern” város megteremtése Éhen Gyula polgármesterségéhez (1895-1902) kötődik. Ekkor végezték a csatornázást és közművesítést, szilárd burkolatot kaptak az utcák, elkészült a villamos. Hauszmann Alajos és Walder Alajos építészek munkássága révén kialakult a város máig látható arculata. Az itt alapított gyárak, üzemek és az élénken fejlődő kereskedelem révén a város népessége négy évtized alatt négyszeresére emelkedett. A városi polgárság igényeinek megfelelő Kaszinó és a Nagyszálló épült, iskolák nyíltak, a Városi Kultúregyesület Zenei Szakosztálya önálló szimfonikus zenekart működtetett, Koncz János hegedűművész itt kezdte pályafutását. 1908-ban megnyílt Szombathely első önálló múzeuma.
Szombathely nyugat-dunántúli centrummá válását a világháború, majd a trianoni békeszerződés ellehetetlenítette. 1921-ben innen indult az első „királypuccs”. A második világháború utolsó hónapjaiban ide települtek a menekülő nyilas állam intézményei. Emiatt a várost légitámadások sorozata érte. A több száz polgári áldozatot követelő legsúlyosabbra 1945. március 4-én került sor. Ekkor pusztult el a belváros épületeinek jelentős része, köztüka székesegyház és a városháza.
1945 utáni a nyugati határövezet miatt megmaradt a város elzártsága, így kitörési pontnak a kulturális szféra bizonyult. Ez adta az ötletet a „Savaria napok” és benne a kétezer éves antik hagyományokat felélesztő Történelmi Karnevál megrendezésére. A „SAVARIA KARNEVÁL” rendszerváltozás utáni megújítása olyan sikeresnek bizonyult, hogy az a városban rendezett más zenei és kulturális fesztiválok érdemeit nem kisebbítve Szombathely védjegyévé vált.